Agizo la Mwisho linaanza wakati nanoteknolojia ya Desty Nova itamfufua Alita katika jiji la Tiphares. Siri nyeusi za mji zimefunuliwa vikali, lakini inaonekana kuwa sehemu ndogo ya ulimwengu ambao ni ngumu. Kuingia angani na kampuni za zamani na mpya kujifunza zaidi juu ya zamani zilizosahaulika na kwa usawa, kumtafuta rafiki yake aliyepotea Lou Collins, Alita ameshikwa kwenye vita ya kati ya nguvu kuu ya mfumo wa jua uliokuwa ukoloni. Akiwa njiani, anaunda muungano na Majarida matatu ya Alita ambayo sasa yameanza kujiamini, superhacker isiyofaa, na Nova mwenyewe wakati anaingia kwenye Mashindano ya Zenith of Things (ZOTT), mashindano ya mapigano yanayofanyika kila baada ya miaka 10. Ikijumuisha njia ambayo Dunia ilionekana kutoka kwa athari mbaya ya msimu wa baridi ambayo ilimaliza umma mwingi kwa urefu wote wa hadithi, historia zaidi juu ya mpangilio wa Vita Angel Alita ambayo haikufunuliwa katika safu ya mapema imeonyeshwa.
