Ndugu hufanya mbinu ya alchemic iliyopigwa marufuku ya kupitishwa kwa binadamu kwa juhudi ya kumfufua wakati Trisha atakufa kwa ugonjwa huo. Kama matokeo, uhamishaji unarudi nyuma na kwa sheria iliyobadilishana sawa, mguu wa kushoto na mwili mzima wa Alphonse wa Edward umeharibiwa. Edward anapoteza mkono wake wa kulia kuokoa roho ya Alphonse, akiifunga ikiwa na muhuri wa damu ndani ya suti ya silaha. Roy Mustang anamwalika Edward kuwa njia ya kurejesha mwili wa Alphonse ili ufanyiwe utafiti na mtaalam wa Alchemist wa Jimbo. Edward alishinda, na kuwa jina kulingana na viungo vyake vya bandia, Fullmetal Alchemist.
Miaka mitatu na kuendelea, Elrics walitafuta Jiwe la Wanafalsafa mashuhuri ili kutimiza malengo yao. Pombe hutuma maelezo yake kupatikana nao, hata hivyo wanajifunza jambo muhimu la kufanya Jiwe ni dhabihu za wanadamu. Rafiki wa Mustang, Maes Hughes, anaendelea na utafiti wao, lakini anauawa kwa kupigwa risasi na wivu wa kujificha wa kupata mikakati ya Homunculi.
Kuona na Izumi, Wa-Elrics wanajifunza mabadiliko ya kibinadamu yalifanywa na yeye juu ya mtoto wake aliyezaliwa amekufa. Tamaa mbaya ya homunculus inakamata Alphonse, lakini inaokolewa na rais wa Amestris King Bradley, aliyeonyeshwa kufanya kazi kama hasira ya homunculus. Uchoyo basi huyeyushwa na kuingizwa tena ndani ya mwanzilishi wa Baba wa Homunculi. Winry na Elric wanarudi Central City kwenda na Hughes lakini jifunze juu ya kupita kwake. Luteni Maria Ross ameundwa kwa mauaji ya Hughes, lakini inaonekana ameuawa na Mustang. Walakini, Edward anajifunza kuondoka kwa Ross kulifanywa ili aweze kusafirishwa na Mustang kutoka umoja wa mataifa kwenda Xing, akisaidiwa na mkuu wa Xingese Ling Yao. Hohenheim ameungana tena na Edward lakini anamdharau kwa kutokuwepo kwake kwa muda mrefu nyumbani.
Kama maendeleo ya hadithi, Homunculi hukutana na wahusika wakuu mara kwa mara. Mustang inaua tamaa; Mustang na Ling hukamata Ulafi, hata hivyo anaishia kuteketeza Wivu ndani ya tumbo lake, na Edward, tumbo linalofanana na Ling. Ulafi huchukua Alphonse kukutana na Baba, lakini Ling anarudi kwenye homunculus, haswa picha mpya ya Tamaa, wakati wengine wanatoroka kutoka tumbo la Ulafi. Wale Elric wameachiliwa kuendelea na harakati zao ikiwa Baba hapingwa na wao.
Akipata handaki ya chini ya ardhi chini ya Briggs, Jenerali Olivier Armstrong anamkuta Baba na Elrics wamekuwa wakijenga kikundi cha kitaifa cha kusambaza na inakusudia kuwapa raia wake ili aweze kupaa kuwa mungu. Tamaa hupata usaliti wa Baba na kumbukumbu zake za zamani, akiungana na baada, na Edward, marafiki wa chimera wa Kimblee Hohenheim. Hohenheim anawafunulia wanawe mmoja mmoja kwamba yeye sio mtu wa kufa, akageuzwa kuwa Jiwe la Mwanafalsafa aliye hai na Baba miaka mia nne nyuma.
Siku ya Ahadi inafika na Baba anajiandaa kuanza mkakati wake wa kupatwa na wale ambao walijaribu kupitishwa kwa wanadamu kama dhabihu zake ambazo ni muhimu. Wahusika wakuu anuwai wanapingana na marafiki wa Baba, na Homunculi wote anaisha. Kufuatia Mustang ya kulazimishwa, na vile vile Elrics, Izumi, Hohenheim hukusanywa kama sababu baba zinaamsha mabadiliko ya kitaifa. Walakini, Scar na Hohenheim huwamilisha Waamestria kuokolewa na hatua za kupinga. Uchoyo umeharibiwa na Baba, ingawa baba amekabiliwa juu ya ardhi ambapo wahusika wakuu wanapambana naye kuvaa Jiwe la Mwanafalsafa.
Alphonse, ambaye silaha zake zimeharibiwa kabisa kupitia mzozo wa mwisho dhidi ya Baba, anatoa roho yake kupata mkono wa kulia, ambaye pia huharibu Jiwe la Baba, na kumrudisha kwenye Lango la Ukweli la Edward. Edward hupoteza nguvu yake ya kufanya alchemy ili kupona roho na mwili wa Alphonse. Hohenheim anaona kaburi ambalo hufa akiwa na kicheko cha Trisha.
