Huko Tokyo kutambuliwa kama Shito Teito mnamo 2020, Minato Sahashi wa miaka 19 ana akili sana, lakini kwa sababu ya kutoweza kukabiliana na shinikizo ameshindwa mtihani wa kuingia chuo kikuu mara mbili.
Minato hukutana na msichana anayeitwa Musubi, ambaye siku moja huanguka mbinguni. Minato anajifunza hivi karibuni kuwa yeye ni "Sekirei" ambaye alimchukua kama "Ashikabi" wake, kati ya kundi la watu wenye siri ambao wana tabia ya kurithi ambao wanaweza kuunda makubaliano - kwa kumbusu - na Sekirei. Hii inawawezesha kutumia nguvu zao zote katika kuondoa mizozo na Sekirei mwingine na kumfunga Sekirei kwake. Iliyoundwa na wasichana 108 wa kupendeza, wanawake wa buxom, na bish? Nen, vita vya Sekirei katika shindano liitwalo "Mpango wa Sekirei" iliyoundwa na Hiroto Minaka, mwenyekiti na mwanzilishi wa Shirika la MBI la kushangaza na lenye nguvu.
Minato anajifunza hivi karibuni kuwa kuwa mke wa mwanamke sio raha na michezo yote, haswa wakati anachaguliwa na Sekirei wengine kadhaa kila mmoja akifanya makubaliano naye, kama Ashikabi wao. Sasa, Minato anapaswa kugundua njia ya kunusurika na mizozo inayotishia maisha ya Mpango wa Sekirei na ushindani mkali wa wenzake kwa ajili yake.
Sekirei ni viumbe vyenye nguvu kubwa kutumia nambari nyingine kama ya mtu. Meli ya anga ya Sekirei ilianguka Duniani mnamo 1999 kwenye Kisiwa cha Kamikura, na iligunduliwa na wanafunzi wawili, Hiroto Minaka (mwenyekiti wa MBI anayeweza kuwa) na Takami Sahashi (mtafiti mkuu wa MBI na mama wa Minato). Wakiwa ndani, wawili hao walikuwa wamegundua maumbo 108 ya maisha, yaliyoelezewa kama "nguzo moja na ndege watoto 107"
